Essaye ça :
-Dans le piano roll, "File", puis "import midi file"
-dans la box qui arrive, tu clic accept
-et après, "file" puis "export as score sheet"
Ça devrait te donner quelque chose qui ressemble à une partition, dans un fichier pdf
(ps : c'est pas garanti que ça fonctionne j'ai jamais utilisé FL, je viens juste de lire le manuel online ici 
)
